Der geschnitzte Balken zwischen Erd- und Obergeschoss des Klosterkrugs nennt das Erbauungsjahr 1570 dieses mächtigen Fachwerkbaues. Erste Erwähnung des Klosterkrugs neben dem Kloster Lüne datiert allerdings auf das Jahr 1528.
Das Lokal war sehr beliebt bei der einfachen Bevölkerung die hier ihre Tage mit Würfelspiel und Müßiggang verbrachte.
Im Jahr 1568 erteilten die Herzöge Heinrich und Wilhelm von Braunschweig und Lüneburg dem Lüner Amtmann den Auftrag, das baufällige Gebäude durch einen Neubau zu ersetzen. Fortan gab es einige Gästezimmer auch für Gäste des benachbarten Klosters. Etwa 20 Jahre später wurde ein Stall für 4 Pferde erbaut.
Zahlreiche Pächter führten das Gasthaus weiter bis zum Verkauf des Hauses durch das Land Niedersachsen in den 1960er Jahren. Der neue Besitzer betrieb den Krug als Hotel & Gaststätte bis in die 1980er Jahre.
Nach Schließung des Hotels und der Gaststätte wurden im Klosterkrug von der Stadt Lüneburg Asylanten untergebracht.
Von 1993 bis 1996 wurde der Klosterkrug von den neuen Besitzern behutsam und aufwendig restauriert und beherbergt seitdem ein italienisches Restaurant mit einigen Ferienwohnungen.